中国爆发新型冠状病毒感染肺炎（COVID-19）疫情后，蔓延到东盟有关国家，双方都高度重视，相互十分关切，正在大力采取举措合作防控。
截至2月16日16点，东南亚国家通报新型冠状病毒感染肺炎的确诊病例148例，其中：新加坡72例，泰国34例，马来西亚22例，越南16例，菲律宾3例，柬埔寨1例。在148例中，62例患者是中国人，86例患者是非中国籍。非中国籍86例患者中，新加坡55人，越南14人，泰国10人，马来西亚6人，美国游客1人。在148例中，已治愈了45例，其中：新加坡18例，泰国14例，马来西亚7例，越南4例，菲律宾1例，柬埔寨1例。
中国—东盟商务理事会执行理事长许宁宁谈到，中国与东盟国家即是友好邻邦，又互为重要的经贸合作伙伴。合作防控疫情工作，关系到本地区民众健康及利益，关系到双方之间经济活动和各国经济增长。
他指出，防控疫情检验着中国—东盟卫生合作。2003年非典型性肺炎爆发，中国—东盟在应对非典疫情中开始在卫生领域的正式合作。中国与东盟已建立了卫生部长会议、高官会议机制。
中国—东盟卫生部长会议机制
首届中国—东盟卫生部长会议于2006年在缅甸仰光举行。此次会议确定中国—东盟卫生部长会议每两年举办一次，在部长会议之前举行高官会议。2019年8月，第7届中国—东盟卫生部长会议和第8届中日韩—东盟卫生部长会议在柬埔寨召开，两个会议均通过了联合声明。
2019年8月28日-31日，中国国家卫生健康委副主任王贺胜率团赴柬埔寨出席第7届中国—东盟、第8届中日韩—东盟卫生部长会议并访问柬埔寨。
中国国家卫生健康委副主任王贺胜（现任国家卫生健康委副主任、党组成员，湖北省委常委，省卫生健康委员会党组书记、主任）在出席会议的发言中表示，东盟是中国在卫生健康领域的重要合作伙伴，多年来双方开展了众多务实合作，为维护地区卫生安全，促进地区卫生发展，推动卫生创新做出了积极贡献。
第8届中日韩—东盟卫生部长会议上还召开了2个圆桌会议“创新提高卫生服务质量”、“实施亚太新发传染病防控战略，增强国际卫生条例执行能力”。
许宁宁介绍道，双方正在执行的《落实中国—东盟面向和平与繁荣的战略伙伴关系联合宣言的行动计划（2016—2020）》专门提及了双方加强卫生领域合作：——落实《中国—东盟关于加强卫生与植物卫生合作的谅解备忘录》。——加强公共卫生合作，其中包括十个方面：
1、通过中国—东盟卫生部长会议、中国—东盟卫生发展高官会及其他相关机制加强政策对话与交流；
2、落实《中国—东盟关于卫生合作的谅解备忘录》，通过中国—东盟公共卫生合作基金等支持有关合作项目；
3、在新发、再发传染病防控领域，特别是早期发现、报告、防控、治疗等方面深化合作，开展技术、人员和经验交流，增强应对能力；
4、在准备应对流行性感冒和新发传染病方面开展合作；
5、加强在慢病防控领域的交流与合作，降低慢病负担，提高本地区人民的健康状况和生活水平；
6、促进非传染性疾病，包括精神健康方面的信息及专业知识交流与合作；
7、推进职业病医疗领域的交流，包括职业病的诊断、治疗和预防；
8、根据各国的优先领域和国内规定，加强传统医学、补充/替代医学合作，重点加强其保护、发展及与医疗保健制度的结合；
9、加强卫生保健领域合作，包括通过使用信息通信技术持续促进公共卫生发展、健康城市建设和可持续卫生管理；
10、继续在培训卫生行政和专业人员方面开展合作。许宁宁谈到，2020年双方将制定2021年至2025年《行动计划》，相信将更加强调加强卫生合作。他建议做细做实。
2018年，中国国家卫生健康委员会、国家中医药管理局和广西壮族自治区人民政府共同举办“健康丝绸之路”建设暨第二届中国—东盟卫生合作论坛，论坛主题为“创新卫生合作，共建健康丝绸之路”。